Regression Concept Vectors for Bidirectional Explanations in Histopathology

Explanations for deep neural network predictions in terms of domain-related concepts can be valuable in medical applications, where justifications are important for confidence in the decision-making. In this work, we propose a methodology to exploit continuous concept measures as Regression Concept Vectors (RCVs) in the activation space of a layer. The directional derivative of the decision function along the RCVs represents the network sensitivity to increasing values of a given concept measure. When applied to breast cancer grading, nuclei texture emerges as a relevant concept in the detection of tumor tissue in breast lymph node samples. We evaluate score robustness and consistency by statistical analysis.Comment: 9 pages, 3 figures, 3 table

Recherche d’informations médicales sur mobile

MedSearch Mobile est un système de recherche basé tant sur de la recherche textuelle que visuelle d’informations issues de la littérature scientifique de BioMedCentral. Cette solution a été développée pour permettre d’accéder à cette littérature depuis un smartphone. Un scénario basé sur le Web a été choisi pour permettre l’utilisation de cette application indépendamment de sa plateforme. Plusieurs contraintes liées à la taille de l’écran à la navigation avec un écran tactile ont été étudiées et prisent en compte lors du développement

Augmented Reality for Museums

2016 nimmt Basel das 500. Jubiläum des Novum Instrumentum (neues Testament) von Erasmus von Rotterdam als Anlass diesen zu feiern. Dazu soll es eine Sonderausstellung in und um das Historische Museum in Basel geben. Verantwortlich für diese Ausstellung ist Marcel Henry, wissenschaftlicher Ausstellungsassistenz. Die Idee von Marcel Henry ist, dass eine App für iOS und Android eine Verbindung von der heutigen Zeit zu der Zeit von Erasmus von Rotterdam zu erstellen. Das moderne Smartphone soll der Blick in die Vergangenheit ermöglichen

Data acquisitions for electromyograms

Ce travail de bachelor est en relation étroite avec le projet de recherche NinaPro (Non-Invasive Adaptive Hand Prosthesis), un projet mené en collaboration avec le centre de recherche IDIAP (Institut d'Intelligence Artificielle Perceptive). Le but de ce projet est d’aider les personnes amputées de la main à améliorer l’apprentissage de l’utilisation de leur prothèse et à acquérir une plus large palette de mouvements. Ce projet se base sur une large récolte de données effectuée sur un ensemble de différents sujets. Les données récoltées consistent d’une part en des signaux musculaires émis par les sujets lors de l’exécution de certains mouvements et d’autre part en des données cliniques concernant les sujets (taille, âge, poids…) et les conditions d’acquisition des données (lieu, date, température de la pièce). Le but de ce travail de bachelor est de créer une base de données susceptible d’accueillir ces données. Cette base de données devra être accessible à divers intervenants via une interface web, afin de garantir un accès le plus large possible. Naturellement cette application web ne devra être accessible qu’aux personnes autorisées. Un système de droits devra donc être mis en place, ainsi que les outils permettant de l’administrer

Inflating a Rubber Balloon

Dieser Beitrag ist mit Zustimmung des Rechteinhabers aufgrund einer (DFG geförderten) Allianz- bzw. Nationallizenz frei zugänglich.This publication is with permission of the rights owner freely accessible due to an Alliance licence and a national licence (funded by the DFG, German Research Foundation) respectively.A spherical balloon has a non-monotonic pressure-radius characteristic. This fact leads to interesting stability properties when two balloons of different radii are interconnected, see [1, 2, 3]. Here, however, we investigate what happens when a single balloon is inflated, say, by mouth. We simulate that process and show how the maximum of the pressure-radius characteristic is overcome by the pressure in the lungs and how the downward sloping part of the characteristic is ‘bridged’ while the lung pressure relaxes

Interface gestuelle pour recherche d’images médicales sur internet

Le domaine médical stocke de grandes quantités d’images et l’accès à celles-ci est fastidieux demandant beaucoup de temps et de réflexion. C’est pour cette raison qu’il est intéressant d’avoir une interface pour afficher et faire des recherches. Ce projet est destiné à donner une nouvelle expérience d’utilisation en intégrant la recherche d’images dans un espace en trois dimensions. En plus de la recherche, le programme offre la possibilité d’effectuer une recherche d’images médicales rapide sans toucher à quoi que ce soit, ceci grâce à l’utilisation d’un capteur gérant la détection des mains dans un espace délimité en-dessus de lui. Ce système permet par exemple à un chirurgien de faire une recherche pendant une opération sans devoir toucher d’objets impliquant de ne pas devoir désinfecter à nouveau. Le projet se base sur une interface existante qui se nomme Shambala et qui s’apparente à une page web. Objectivement, celle-ci peut déjà faire une partie du programme comme l’utilisation du capteur pour affiner la recherche. Pendant le processus de réalisation du programme, une partie de la méthodologie agile a été appliquée. Des rendez-vous hebdomadaires avec le professeur responsable ou son remplaçant ont été organisés. Pendant ces entretiens, il ressortait ce qui a été développé, les problèmes rencontrés et ce qui va être fait ou amélioré. Ces séances mettaient en évidence la progression du travail et son orientation avec les éventuelles erreurs à résoudre. Le processus normal d’exécution d’une recherche avec cette interface est : - Ouvrir le menu grâce au pointeur. Celui-ci s’affiche lorsque l’utilisateur tend l’index au-dessus du Leap Motion. Lorsque le bouton menu est survolé pendant un laps de temps, la première rubrique du menu s’affiche. Ensuite l’utilisateur survole les différents boutons jusqu’à ce qu’il trouve la recherche préliminaire qu’il aimerait effectuer. Il est possible d’accéder au menu à tout moment. - Après que la recherche préliminaire s’est effectuée, le résultat s’affiche sur l’écran principal de la recherche. L’utilisateur peut regarder dans toutes les directions et effectuer un zoom pour mieux choisir l’image qui l’intéresse. Ensuite il peut manipuler celle-ci en l’ajoutant positivement ou négativement à la recherche, ce qui va relancer une recherche et l’afficher. L’autre possibilité est de l’attribuer comme objet de comparaison. En regardant en haut de la sphère, l’utilisateur voit les images qui ont été assignées. - L’écran de comparaison est affiché grâce à un geste simple depuis l’écran de recherche. Il se compose seulement des deux images sélectionnées. Il est possible de les agrandir, rétrécir et bouger dans toutes les directions pour les comparer. Un geste est disponible pour revenir à la recherche. - Le dernier écran sert à afficher les éléments ajoutés à la recherche. Il est accessible comme le précédent grâce à un geste simple depuis l’écran principal. En choisissant une image, il est possible de l’enlever de la recherche, ce qui en relance une autre et l’affiche. Une fonction utile si l’utilisateur a ajouté par inadvertance une image ou qu’elle ne correspond pas à la recherche désirée

Utilisation de Docker dans la science des données

Les sciences de l’information apportent beaucoup au domaine médical. Elles permettent d’effectuer de nombreux calculs et algorithmes sur de grandes bases de données. Cela permet à de nombreux projets d’avoir facilement accès à l’information. Avec l’arrivée d’internet puis, aujourd’hui, du big data, de nouveaux enjeux sont apparus. L’un d’entre eux est de rendre accessible ladite information. Un autre est de fournir un environnement de calcul puissant aux chercheurs dans un contexte protégé. Les dites données sont souvent soumises aux closes de confidentialités médicales. Une difficulté qui apparaitra souvent lorsque l’on cherche à fournir un tel environnement à des chercheurs est le contexte d’exécution. Aujourd’hui, il existe des dizaines de langages de programmation fonctionnant tous sur des compilateurs différents, et possédant tous des centaines de versions différentes. Nous rencontrons un réel problème pour déplacer et déployer facilement un écosystème dans les puissants centres de calculs

Ergebnisse aus Langzeitstudien zu Gefahrstoffbelastungen im Tunnelbau

Die Mineure sind beim Tunnelbau trotz moderner Technik vielfältigen Beanspruchungen und Belastungen ausgesetzt. Deshalb wurden Tunnelbaumaßnahmen mestechnisch begleitet, um die Gefahrstoffbelastung festzustellen. Während die Belastung mit Feinstaub durch das moderne Nassspritzverfahren beim Betonspritzen stabil unter den MAK-Wert gedrückt werden kann, erfordert die Einhaltung des TRK-Wertes für DME beim Schuttern zusätzliche lüftungstechnische Maßnahmen